Polymorphismes d'inversion récurrents chez l'homme associés à une instabilité génétique et à des troubles génomiques
Résumé
Contrairement aux variantes du nombre de copies (CNV), les inversions restent une classe de variation génétique sous-explorée. En intégrant plusieurs technologies génomiques, nous découvrons 729 inversions dans 41 génomes humains. Environ 85 % des inversions <2 kpb se forment par amorçage jumeau lors de la rétrotransposition L1 ; 80 % des plus grandes inversions sont équilibrées et affectent deux fois plus de nucléotides en tant que CNV. Les inversions équilibrées montrent un excès de variantes communes, et 72 % sont flanquées de duplications segmentaires (SD) ou rétrotransposons. Étant donné que les répétitions flanquantes favorisent la recombinaison homologue non allélique, nous avons développé des approches complémentaires pour identifier la formation d'inversion récurrente. Nous décrivons 40 inversions récurrentes englobant 0.6 % du génome, montrant des taux d'inversion allant jusqu'à 2.7 × 10-4 par locus par génération. Les inversions récurrentes présentent un biais chromosomique sexuel et co-localisent avec les régions critiques des troubles génomiques. Nous proposons que la récurrence d'inversion entraîne un nombre élevé de porteurs hétérozygotes et la diversité SD structurelle, qui augmente la mutabilité dans la population et prédispose des haplotypes spécifiques aux CNV pathogènes.
